Образовательная деятельность в МОУ «Агинская средняя общеобразовательная школа №3» осуществляется на государственном языке Российской Федерации (русском).
Родной (бурятский язык и литература) изучается по образовательной программе, Родной (русский язык и литература) изучается учащимися, выбравшими русский язык в качестве родного с 2019 года.